Há várias falhas de segurança que aparecem corrigidas nesta nova versão e melhorias na precisão do nível de bateria do dispositivo.
Estas boas notícias para os detentores "legais" do iPhone 3G e 3Gs, são no entanto más para quem desbloqueou o seu telefone com o jailbreak com ferramentas como a Redsn0w, Blackra1n ou a Pwnage Tool. A versão 3.1.3 contraria esse desbloqueio e a comunidade aconselhou os utilizadores a não actualizarem para a nova versão. Isto enquanto não existirem ferramentas para desbloquear dispositivos que corram a versão 3.1.3.